Tháng 9 năm 307, thúc phụ của Tư Mã Duệ là Đông An vương Tư Mã Do bị Tư Mã Dĩnh, người đang khống chế triều đình giết chết. Tư Mã Duệ sợ bị liên lụy, cuối cùng nghe theo lời Vương Đạo, quyết định về nam[5], đến vùng Kiến Nghiệp. Khi Tư Mã Duệ đến Kiến Nghiệp cũng không phải là người có tiếng tăm, nên đến một tháng vẫn không có ai đến chào mừng. Vương Đạo cảm thấy thất vọng nên tìm cách tăng cao uy tín cho Tư Mã Duệ đối với người dân Giang Nam. Đến tháng 3 năm 308, Vương Đạo và Vương Đôn mời thêm các sĩ tộc ở phương bắc cùng đi theo Tư Mã Duệ xuất hành ra ngoài. Sĩ tộc ở Giang Nam thấy vậy phải nể sợ. Vương Đạo lại khuyên Tư Mã Duệ hãy trọng dụng sĩ tộc miền nam. Tư Mã Duệ nghe theo, bèn phong cho Hạ Tuần và Cố Vinh là hai người dẫn đầu sĩ tộc Giang Nam làm Ngô quốc nội sử và An Đông quân tư mã, sau đó tiếp tục bổ nhậm nhiều sĩ tộc ở Giang Nam. Do đó dân chúng Giang Nam quy phục Tư Mã Duệ. Đương thời, trong dân gian lưu truyền câu: Vương cùng Mã là nên thiên hạ[6].

Năm 311 quân Hán Triệu ở phía bắc tiến quân xuống miền nam, bắt sống Tấn Hoài Đế[7]. Trung Nguyên lâm vào tình trạng hỗn loạn. Nhiều sĩ tộc ở miền bắc di cư xuống phía nam tị nạn. Vương Đạo khuyên Tư Mã Duệ nên hợp tác với cả sĩ tộc miền bắc và tiếp tục bổ dụng người tài giỏi để phát triển thế lực. Không bao lâu sau, các miền Kinh châu, Dương châu lại ổn định, dân chúng sung túc. Tư Mã Duệ càng kính trọng Vương Đạo, có lần đã nói với ông rằng: Khanh giống như Tiêu Hà của ta vậy, còn quan lại ở Giang Nam gọi ông là trọng phụ[8].

Sang thời Tấn Mẫn Đế, thế lực của Tư Mã Duệ ngày càng lớn, được triều đình phong cho chức Thừa tướng[9]. Vương Đạo cũng được phong làm Thái thủ Đơn Dương, Phụ quốc tướng quân, sau đổi làm Ninh Viễn tướng quân, sau lại đổi làm Chấn Uy tướng quân. Mẫn Đế ở Trường An nghe tiếng của Vương Đạo, cũng từng muốn triệu ông vào triều làm Lại bộ lang nhưng ông không nhận.

Năm 316, Tấn Mẫn Đế bị quân Hán Triệu bắt, toàn bộ miền bắc bị mất. Sang năm 317, Tư Mã Duệ lên làm Tấn vương ở Kiến Khang[10][11], phong cho Vương Đạo làm Thừa tướng quân tế tửu. Hoàn Di khi về nam thường than thở triều đình bạc nhược, đến khi gặp được Vương Đạo thì lập tức trở nên vui mừng bảo rằng: Được thấy Quản Di Ngô, không còn lo buồn nữa, có ý so sánh ông với Quản Trọng giúp Tề Hoàn công thời Xuân Thu.

Không lâu sau, Vương Đạo tiếp tục được thăng làm Hữu tướng quân, thứ sử Dương châu, Giám Giang Nam chư quân sự rồi Phiêu kị tướng quân, Tán kị thường thị, Đô đốc trung ngoại chư quân và sau nữa là Trung thư giám, Lục thượng thư sự, Giả tiết... nhưng ông thấy rằng Vương Đôn nắm giữ được 6 châu thế lực to lớn, sợ bị dính vào nên từ chối chức Trung ngoại đô đốc.

Sĩ tộc ở miền bắc đến phủ của Chu Nghĩ, nhớ tới cảnh mất nước bèn khóc than thảm thiết. Vương Đạo tỏ ra không vừa ý. Các sĩ tộc miền bắc không khóc nữa mà đưa nhau đến bái lạy ông. Vương Đạo càng ra sức khuyến khích việc học và tuyên dương lễ nhạc giáo hóa, được Tư Mã Duệ tán thành.